Secondo quanto emerso dall'ultimo rapporto sulle acque dell'Ue realizzato dall''Agenzia europea dell'ambiente (Aea),
il 63% degli habitat ti laghi e fiumi nell'Ue non godono di buona salute.
Colpa dell'inquinamento, soprattutto a causa dei fertilizzanti agricoli, ma il dito è puntato anche contro sperchi e cambiamenti climatici. Il problema principale rimane senz'altro la contaminazione da nitrati proveniente dai fertilizzanti agricoli, quella da fosfati e ammoniaca invece si sta riducendo più velocemente, grazie ad una migliore depurazione dei reflui. La conferma arriva dai dati sui siti balneabili in Europa, che nel 92,1% dei casi nel 2011 hanno rispettato gli standard minimi di qualità.
L'altro grave problema vede ancora una volta al banco degli indagati l'agricoltura, principale responsabile dello spreco di risorse idriche necessarie per l'irrigazione. Questo continuo attingere dall'acqua di laghi e fiumi sta causando un abbassamento del livello idrico, il che danneggia gli ambienti naturali e aggrava il problema siccità. La modifica dei bacini naturali effettuata tramite dighe o serbatoi ma anche da una urbanizzazione massiccia, hanno spesso un impatto sull'habitat di piante e animali, impedendone la migrazione o riproduzione. Il cambiamento dello 'status idromorfologico' dei corpi idrici è un problema nel 52% delle acque superficiali.
Secondo l'agenzia Ue, i futuri pagamenti della politica agricola comune agli agricoltori (Pac) dovrebbero tenere conto della gestione dell'acqua, a partire dall'irrigazione. La produzione di energia è un altro capitolo, dove anche la produzione di biocarburanti può essere particolarmente idrovora.