Secondo un recente studio diffuso dall'Unione Internazionale per la Conservazione della Natura, sono oltre 40 mila oggi gli esemplari di megattera presenti negli oceani di tutto il mondo. Un buon risultato se si pensa che solo una ventina di anni fa la specie era arrivata vicina all'estinzione a causa dell'uomo. La caccia a questo tipo di balena è stata per anni intensissima grazie soprattutto all'altissimo valore commerciale della carne e dell'olio che se ne ricavava, finchè ne fu imposto il divieto assoluto nel 1986. Oggi le megattere ed altri grossi cetacei come la balena australe, hanno ripreso a popolare i loro habitat originari anche se esiste il rischio che paesi a tradizioni baleniere come il Giappone, la Norvegia e l'Islanda, riaprano la caccia incentivati dall'abbassamento dell'allarme estinzione. Rischio che, secondo il biologo Randall Reeves della Iucn, non sarebbe ancora del tutto scongiurato. Lo stesso studio rivela una situazione meno felice per altre specie di cetacei, circa il 10 per cento delle 80 specie censite sono sempre più sulla via dell'estinzione come ad esempio la focena del Golfo di California (solo 150 esemplari).
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