La rete Natura 2000 è il fulcro della strategia dell’UE per arrestare la perdita di biodiversità. In considerazione di questa importante premessa, la Corte dei Conti UE ha pubblicato un report in cui segnala che “gli Stati membri non hanno gestito la rete in maniera sufficientemente soddisfacente”. In sostanza, i fondi UE non sono stati mobilitati in modo opportuno, e mancavano informazioni dettagliate sul loro utilizzo. La Corte Ue, quindi, ha formulato una serie di raccomandazioni affinché venga data piena attuazione alla rete, sia chiarito il quadro di riferimento per i finanziamenti e vengano misurati i risultati.
A tal proposito, Ludwig Willnegger, Segretario generale della Federazione europea per la caccia e la conservazione (FACE) ha dichiarato: "All'interno della rete Natura 2000, sappiamo di molti esempi dove gli agricoltori, i proprietari terrieri e gli altri soggetti rurali, come i cacciatori, sono stati maltrattati". Secondo Willnegger la rete spesso è stata sacrificata su altri interessi. "E 'chiaro che gli Stati membri - ha detto - devono investire di più in comunicazione ed incentivare gli utilizzatori dei terreni, che hanno contribuito alla qualità di questi siti in primo luogo ".